В силу п. 2 ст. 89 НК РФ решение о выездной проверке выносит налоговый орган по месту нахождения организации. Организация считается снятой с учета в налоговом органе по прежнему месту нахождения и одновременно поставленной на учет в налоговом органе по новому месту нахождения с даты внесения в ЕГРЮЛ записи об изменении места нахождения юридического лица (Письмо Минфина РФ от 23.03.2012 N 03-02-07/1-68).
Таким образом, налоговый орган, в котором учреждение состоит на учете до дня внесения в ЕГРЮЛ записи об изменении места нахождения, вправе вынести решение о проведении в отношении учреждения выездной проверки. Но если проверка назначена прежней инспекцией хотя бы в тот же день, когда внесена запись в ЕГРЮЛ, прежняя инспекция назначить проверку не вправе. В противном случае автономное учреждение может обжаловать результаты выездной проверки с положительным для себя результатом (см., например, Постановление ФАС ПО от 21.10.2013 по делу N А55-34463/2012).
