При необходимости продлите срок командировки и перечислите работнику дополнительные деньги — за дни больничного в командировке ему надо выплатить суточные и оплатить проживание (п. 25 Положения о командировках).
Пособие по больничному рассчитайте в общем порядке, а средний заработок за дни болезни не платите.
В Табеле учета использования рабочего времени дни болезни в командировке отметьте двумя кодами — буквенными «К» и «Б».
Если в больничном листе заполнена строка «Находился в стационаре с __ по __», расходы на проживание за эти дни работнику не возмещайте.
Более подробно с данным материалом Вы можете ознакомиться в СПС КонсультантПлюс