Порядок оплаты электронного больничного ничем не отличается от оплаты больничного в бумажном виде. Размер пособия рассчитывает работодатель и указывает в соответствующих графах заполняемого им раздела.
Если работодатель выплачивает пособия по общему правилу, т.е. с зачетом по страховым взносам, то надо назначить пособие в течение 10 календарных дней со дня, когда работник предъявил номер электронного больничного (ч. 1 ст. 15 Закона о страховании на случай нетрудоспособности). Саму выплату нужно произвести в ближайшую зарплату.
Если работодатель является участником пилотного проекта и осуществляет прямые выплаты работникам, то необходимо действовать в соответствии с Положением о выплатах в рамках пилотного проекта.
Более подробно с данным материалом Вы можете ознакомиться в СПС КонсультантПлюс Готовое решение: Как организовать работу с электронным больничным (КонсультантПлюс, 2019) {КонсультантПлюс}